На севере страны климат умеренный, а на юге – субтропический и тропический муссонный. Лето достаточно жаркое по всей стране – от +30 С на севере до +38 С на юге. Летом выпадает максимальное количество осадков – от 700 мм. на севере, до 1200 – на юге, при этом влажность воздуха очень высока, часты тайфуны. Средняя температура зимой достаточно низкая – от -15 С на Хоккайдо, до – 5 на о. Хонсю и до +16 С на архипелаге Рюкю. При этом выпадает достаточно большое для столь южных широт количество снега.

Осадков на большей части страны выпадает 1700-2000 мм. в год, на юге страны – до 4000 мм. Лучшее время для посещения островов – весна (время цветения сакуры) и конец сентября – начало октября. В это время температура обычно не опускается ниже 17-20 С, а влажность воздуха несколько ниже (хотя весной часты холодные ветра с материка, а осенью – тайфуны).